Saat sistem CNC diaktifkan, pemotongan yang diinginkan diprogramkan ke dalam perangkat lunak dan ditentukan ke alat dan mesin terkait, yang melaksanakan tugas dimensi seperti yang ditentukan, seperti robot.
Dalam pemrograman CNC, generator kode dalam sistem numerik sering kali menganggap mekanismenya sempurna, meskipun ada kemungkinan kesalahan, yang lebih besar setiap kali mesin CNC diarahkan untuk memotong lebih dari satu arah secara bersamaan. Penempatan alat dalam sistem kontrol numerik digariskan oleh serangkaian masukan yang dikenal sebagai program komponen.
Dengan mesin kontrol numerik, program dimasukkan melalui kartu berlubang. Sebaliknya, program untuk mesin CNC dimasukkan ke komputer melalui papan ketik kecil. Pemrograman CNC disimpan dalam memori komputer. Kode itu sendiri ditulis dan diedit oleh programmer. Oleh karena itu, sistem CNC menawarkan kapasitas komputasi yang jauh lebih besar. Yang terbaik dari semuanya, sistem CNC sama sekali tidak statis karena perintah yang lebih baru dapat ditambahkan ke program yang sudah ada melalui kode yang direvisi.